Category: наука

Category was added automatically. Read all entries about "наука".

dream

Про выработку антител

Из моих соображений-обобщений:
Около 10% людей не вырабатывают детектируемых обычными тестами антител к коронавиурсу что после болезни, что после прививки.
Прививка, особенно бустерная, дает высокий уровень антител- больше, чем после болезни (для тех, кто не сталкивался с ковидом). Для тех, кто сталкивался- такой эффект дает 1 доза вакцины, вторая может не помочь, и даже снизить (слегка) выработку антител. Но это будет все равно выше чем после болезни (в среднем). По разным данным, антитела могут держаться на уровне (более низком чем месяц-полтора после симптомов) до 3, 6 мес после болезни, есть что и до 8- но только у части болевших, у многих спустятся до "порога".
По прививке данные есть у людей за 2-3 месяца, тк не прошло еще больше времени с момента полной вакцинации. Картина с персистенцией антител примерно такая же, как и после болезни (но титры выше, потому что бустерная прививка для этого и создана, чтобы их поднять).
Однако, особенность выработки антител к коронавирусу такая, что разброс у конкретных людей в уровнях-титрах (что после прививки, что после болезни) - несколько порядков. Это очень большой диапазон. И динамика роста или затухания (и по уровням, по времени, и по кривизне) тоже отличается сильно- есть даже случаи, когда титры антител растут со временем- хотя, в норме, не с чего бы такому происходить. Так что на индивидуальном уровне возможны разные варианты гуморального ответа, заранее не предсказуемые.
Антител больше вырабатывается у тех, кто болел тяжело, и держатся в крови они дольше, чем у тех, кто болел средне  и легко.
Есть данные что у полных людей, переболевших ковидом, был более сильный гуморальный ответ (плазма их крови более потентная для лечения ковида).
Есть данные, что у тех, кто болел тяжело- был более ранний и более сильный гуморальный имумнный ответ к коронавирусу.
У тех, у кого низкие уровни антител во время и после болезни, вирус из организма выделяется дольше (иногда до нескольких месяцев).
Заболеваемость ковидом после прививок (в течении пары месяцев), как показали данные по Израилю, примерно такая же, как и после самого ковида- вероятность подцепить, попасть в больницу, этс- раз в 10 меньше.
dream

Из доклада ВОЗ

После поездки в Китай группа экспертов ВОЗ готовит отчет о своей работе (пока у них 280 страниц, но работа еще не завершена) к публикации, и пока известно, что  рассматриваются 4 гипотезы попадания вируса в популяцию людей.
1) От летучих мышей, через другое  промежуточное животное,  к людям
2) От летучих мышей, непосредственно к людям
3) Через контаминированные вирусом продукты питания
4) Утечка из лаборатории

Я помню, что  СДС и прочие уверяют, что и вируса на продуктах быть не может, и таким способом заразиться крайне маловероятно. Тем не менее, эта гипотеза рассматривается вполне серьезно (во всяком случае самими китайцами)- и не зря- потому что живой вирус был найден на замороженных продуктах в Китае, в том числе в образцах из Уханьского рынка, где была вспышка.
Конечно, это вопрос, как вирус попал в(на) те продукты, где оказался- возможно, от инфицированного человека (или животного?) -но я, собственно, больше о том, что в условиях вспышки и гуляния вируса и вирусоносителей ничто не мешает вирусу попадать на продукты питания и передаваться таким образом, в том числе- особенно если продукты не будут обработаны перед употреблением.
"..suggested frozen products on which the virus was found were most likely contaminated by infected people. An infected person also likely brought and spread the virus at the Wuhan market associated with the outbreak, where some of the contaminated products were later found.“In general, all the conditions for the spread of infection were present at this market,” Dedkov said in an interview. “Therefore, most likely, there was a mass infection of people who were connected by location.”
Понятно, что, если особой вспышки нет, шансы на то, что вирус будет на товарах потребления, не слишком высоки (но и не 0)- а если есть вспышка- то, заражение через товары- это вполне рабочий, хоть и менее значимый, путь.
 Я, исходя из своих знаний, думаю что (1) -наиболее вероятная гипотеза, и что переход виурса к людям случился  раньше, чем китайские врачи столкнулись  САРС2 в Ухани.

dream

Еще раз про АЗУ

Месяц тому вышла статья (препринт) американских ученых, в которой обыгрывается пояснение феонмена АЗУ при ковиде, возлагается на него ответственность за ТОРС, и выдвигается гипотеза (с доказательствами на мышиной модели и на культуре клеток), что заражение макрофагов коронавирусом начинает происходить после того, как индуцированные не-нейтрализующими  к коронавирусу антителами, они начинают продуцировать АСЕ2 рецепторы на своей поверхности. Дальше, как по накатанной дорожке, аналогично уже известному синдрому актвации макрофагов, и с патологическими проявлениями в легких и системного характера.
Авторы назвали свою статью
At the Intersection Between SARS-CoV-2, Macrophages and the Adaptive Immune Response: A Key Role for Antibody-Dependent Pathogenesis But Not Enhancement of Infection in COVID-19
Хотя, по сути, в ней идет речь о том, что благодаря работе антител происходит именно АЗУИ, сопровождающаяся АЗУ воспаления (при массовом разрушении макрофагов и выбросе их содержимого наружу), локального и общего. Collapse )
dream

Про антитела, к размышлению

Группа немецких ученых задалась целью- проверить, можно ли по течению ковида предсказывать, будет ли хороший гуморальный иммунитет у переболевших, или нет. Для этого они проверили что там с нейтрализующими антителами у
[Spoiler (click to open)]
281 болевшего (с ПЦР подтверждением, с апреля по август, младше 65 лет, средний возраст 39 лет, и без хронических заболеваний) через 3 недели после выздоровления. А  у тех из них, у кого титр антител был высоким- еще раз спустя время (в среднем, через полтора месяца после первой пробы). В группе было всего 1.8% болевших тяжело(3е), всего 1 лечился в реанимации.
Через 3 недели у 51.7% были IgG на высоком уровне,  у 26% на низком (оптическая плотность 3.1 в среднем,  если >1.1- есть наличие антител, а высокой считали более 2.5). У тех у кого были высокие уровни (выше 2.5), проверили на нейтрализующие антитела. Высокие титры (>1:80) оказались только у 12.5% (из 281) .
У 15.3% выборки антитела не детектировались или были на "пограничном" уровне.
У 9% ПЦР через 3 недели после выздоровления оказался положительный, хотя вируса было мало (37циклов в среднем).
При этом у четверти из них были высокие титры нейтрализующих антител.
Оказалось, что более высокие уровни антител (и нейтрализующих тоже) коррелировали (слабо) с более тяжелым течением болезни и более старшим возрастом.
Правда, для простоты понимания всех волонтеров разбили всего на 3 группы- легкое (32%), умеренное (54%) и тяжелое (14%) течение. А последних было с гулькин нос, известно про госпитализацию только 3, откуда 13% наскребли, не очень ясно (тк  для тяжелых госпиталиазция была условием попадания в группу), вероятно, добавили среднюю тяжесть.
Уровни IgG были высокими у тех, кому от 18 до 30, и от 45 до 60. У старших-  выше, но,думаю,  потому, что там оказались 3 госпитализированных (тяжелых) и у них уровни антител были очень высокие, а считали среднее, а не медиану. При этом, в том, что касается нейтрализующей активности-  связи с возрастом не выявилось. Так же, раза в 2 были выше уровни IgG, у тех, кто болел тяжело. Нейтрализующих антител тоже было выше, но не достоверно.
Так же, нейтрализующих антител было больше у мужчин и у тех, у кого было больше вируса в мазке (число циклов ПЦР--25-30). У группы с высоким титром (>1:80) у которых образцы крови брали еще раз через полтора месяца, в среднем, оптическая плотность подросла на 0.5 (стала в среднем 3.7), а вот нейтрализующая активность у части (17%) - упала (стала  ≤ 1:80).
Подгруппу волонтеров протестировали и на иммунитет к нуклеокапсидному белку. 44% имели высокую позитивность, 38% были негативными.
Авторы не нашли, что уровни нейтрализующих антител у переболевших сильно зависят от тяжести течения или чего-то еще, хотя в целом, отметили ассоциации между тяжестью течения, более высокими уровнями IgG, более высокой вирусной нагрузкой в мазке, и возрастом.
dream

Персистирующий ковид

Или хронический.
Свежий препринт, в котором показано, что у нескольких человек (пациенты, нуждающиеся из-за своих заболеваний в химиотерапии, 5,5, и 25 лет, имевшие несчастье заболеть ковидом-19) с ослабленной иммунной системой, коронавирус САРС2 персистировал примерно до полугода, и выделялся, разумеется.
Для определения вируса делали обычный ПЦР, количественный, и на "отрицательную" нить РНК (показывающую что есть репликация вируса внутри клеток), и еще и анализ генома, чтоб проверить мутации. А что оставался заразным- проверяли на культуре и по показателю внутриклеточной репликаации. Еще,  у тех, у кого вирус долго жил,  он приобретал во время персистенции мутации (примерно как в этом вот случае), в том числе и те, которые могут позволять ему лучше уходить от иммунного ответа (который какой-никакой, был у этих больных). Такие вот дела.
Collapse )
Collapse )
dream

Такая разная кинетика

Статья  французов, как они следили за кинетикой иммунного ответа (антитела к нуклеокапсиду кронавиурса, типов  IgG и  IgA, в крови и мазках из носа). Их 4 первых пациента (как давно это было, первые ковидные!)
Все очень индивидуально. Все четверо- с разными картинами.
Но характерно то что- у тех, кто болел тяжело- был очень высокий "ранний"  титр антител.  Примерно через 2 недели после симптомов выработка была уже на максимуме.
Это говорит о том, что были задействованы клетки памяти, и Т и В, причем очень активно.
У тех кто болел легко- иммунная реакция развивалась "как обычно"- появление антител  примерно к 2 неделе, и дальнейшее нарастание (но титры антител были в разы и на порядки меньше, чем у тяжелых).
Один из легко болевших легко вообще почти не выработал антител, еле-еле нашкрябалось до уровня чуть выше порога к 28 дню. Фактически, выздоровел без участия специфического гуморального ответа.
Уровни антител в слизистых коррелировали с уровнями в плазме.
Так что у всех все свое, но и эта статья о том что у тех, кто сильно болеет- ранний и сильный специфический гуморальный ответ.


dream

Вполне неплохо сохраняется

Коронавирус САРС2, вызывающий ковид, довольно хорошо определяется в ректальных мазках, и выделяется он таким путем дольше, чем через дыхательную систему.
Это натолкнуло ученых проверять на наличие вируса образцы сточных под- чтобы по ним, в том числе, ориентироваться о состоянии эпидемической ситуации в регионах. Метод довольно чувствительный, показал себя вполне рабочим, и даже на уровне "прогноза" (правда, задним числом- ведь не смотря на то, что метод детекции работает, и количественно в том числе, никто не мониторит регулярно сточные воды "просто так", чтобы заранее узнавать, где возможны серьезные вспышки, и принимать упреждающие меры).
Хотя нет- вроде вот пишут что метод детекции используют (или рекомендуют?) в США. Правда, результатов этого мониторинга что-то не видать. может, только начали..
Но  у метода оперделения вирусной РНК в сточных водах, как отмечают авторы публикации, есть и нюансы.
Метод ПЦР определяет вирусную РНК, без разницы, в каком она состоянии- был бы в наличии фрагмент, с которым связывается праймер, после извлечения РНК из образца. А состояние РНК может быть критически важным- ведь если она "целенькая", да еще и в капсиде и суперкапсиде- это значит, что в сточной воде присутствует вирус собственной персоной, и, есть шанс, что плохо очищенная вода может послужить источником заражения (для персонала очистного сооружения, например). И конечно, это важно для оценки сроков с момента контаминации- ведь со временем  вирус деградирует, но РНК определится все равно.
Согласно данным авторов, примерно 5 часть (до 30%)  коронавирусной РНК в образцах сточных вод находится в виде "целого вируса",  и часть из него- способна к инфекции.
Выживаемость коронавируса в сточных водах заметно ниже, чем у энтеровирусов (они брали для положительного конроля вирус Коксаки)- тем не менее, вполне приличная.
Согласно данным авторов, коронавирусная РНК может сохраняться до 7 дней и при температурах от +4 до 40С. При +4+20С  они вполне определяли и"общую", и "внутрикапсидную" РНК до 10-12 дней. Дальше, вероятно, не инкубировали-  тк графики просто обрываются на концентрациях  РНК 100 000 мкг на литр. Изначальные концентрации коронавирусной РНК в образцах сточных воды- примерно 5 г на литр (вроде и ничего себе количество, да?)
Вирусных частиц, способных заражать, было примерно 1 на 100 определенных (из РНК, защищенных капсидом и суперкапсидом).
Касательно инфекционности- в течении суток коронавирус, присутствующий в необработанных сточных водах, при температуре около +4С, мог заражать культуры клеток без проблем. В отличии от энтеровируса, которые не терял такой способности и дальше. При +20С, количество инфицирующих коронавирусов уменьшалось в 1000 раз через сутки ( от 10 тыс до 10 частиц на 1 мл жидкости). При этом в контроле (культуральная среда) инфекционность коронавируса оставалась такой же, как и ранее. Так что в сточных водах коронавирусу  - не сладко.
При этом, суперкапсид и капсид лучше сохраняют вирусную РНК от разрушения температурами и разными химическими веществами, которые могут присутствовать в сточных водах. Чем просто капсид (как у энтеровирусов). Температурная обработка ( где то около +45) резко снижает количество "инфекционных" коронавирусов в сточных водах.
 С точки зрения авторов, с учетом этих нюансов, метод может использоваться как "мониторинговый".

Collapse )
dream

Асимптоматические случаи и иммунитет

Highly functional virus-specific cellular immune response in asymptomatic SARS-CoV-2 infection
Интересная статья.
Абстракт:
Collapse )

Исследовали в Сингапуре на группе рабочих -мигрантов в общежитии (несколько сотен человек), после вспышки ковида,  с отбором крови и дальнейшей ее проверкой на антитела к коронавирусу, и всяческие реакции " в пробирке", сравнивая с симптомами и тестами (у кого были).
 В абстракте точка зрения авторов выражена достаточно четко и обоснованно.
У тех, у кого был асимптоматичный ковид- на самом деле был очень "подходящий"  ответ клеточного иммунитета.
Сбаллансированный по количеству и качеству. Это люди, у которых просто хороший противовирусный иммунитет. 
Активированные вирусом Т-лимфоциты у них продуцируют "правильные" цитокины, включая интерферон в рабочих количествах с самого начала, в отличие от тех, кто болеет выраженно симптоматично.
У тех, у кого болезнь протекает асимптоматично- лимофциты продуцируют  количество противо-воспалительных веществ, пропорциональное количеству воспалительных цитокинов.
Количество же "активных" лимофцитов у асимптоматичных и умеренно симтоматичных (ОРЗ) после выдоровления - примерно одинаковое.
Дальше, наверное, никому, кроме меня, особо не интересно, да и местами запутанно.
 Collapse )
dream

Перекрестные реакции

Интересная работа.
Авторы проверили наличие антител к коронавирусам вообще ( в популяции циркулируют несколько сезонных коронавирусов, вызывая ОРЗ разной тяжести, или бронхо-пневмонии, кому как повезет)и  антитела к новому коронавирусу САРС2, в исторических образцах ( с 2013 года) и у переболевших ковидом.
Сначала были исследованы уровни антител до эпидемии ковида (одна группа, сохраненные образцы крови до и 2017 года), затем проверен гуморальный иммунный ответ у заболевших ковидом (другая группа, с подтвержденным тестом на ковид), и так же были проверены уровни аналогичных антител у госпитализированных, включая и болевших тяжело.
Что оказалось. Что в популяции (на примере использованных выборок) у большинства неболевших ковидом людей в крови персистируют антикоронавирусные антитела.
Более того, есть антитела и к САРС2, и весьма специфичные в том числе.
У 5% выборки 2017 года в крови были антитела, способные связываться с шипиковым белком коронавируса САРС2 по всей его длине. У 2%- антитела, связывающиеся с рецепторо-связывающей частью субъединицы шипика, и у 18.6% - связывающиеся с капсидом коронавируса САРС2.
Уровни этих антиетл в крови 2017 года были почти такие же, как и в крови недавно переболевших ковидом (с подтвержденным ПЦР тестом).
Но, с одним отличием от "свежепереболевших" - аналогичные антитела из старых образцов почти не обладали нейтрализующей активностью.
Так что примерно у 23% выборки  не болеших ковидом (до эпидемии) есть антитела, которые могут "перекрестно" (?) связываться с белком капсида или шипиковым белком нового коронавируса САРС2.
У тех, у кого были в крови антитела к САРС2 в 2017 году, были так же повышенные уровни антител в крови к известному бетакоронавирусу OC43.
Однако у маленьких детей уровни таких антител были ниже, чем у взрослых.
Авторы предполагают, что у этих вот 23% людей антитела к коронавирусу САРС2 - это следствие инфекции бетакоронавирусом OC43. Что из-за предыдущих инфекций им, сформировались так же и антитела, которые могут перекрестно реагировать с антигенами САРС2.
(Замечу, если коронавирус САРС2 появился в нашей популяции раньше чем в 2019м ( у меня есть такая мысль), то это могли вполне быть и антитела к нему.)
Авторы нашли образцы крови до 2017 года и для группы заболевших ковидом, разной тяжести, и проверили что там с антителами. Оказалось, что "перекрестные" антитела были и там.
У 2.2% к шипиковому белку коронавируса САРС2, у 0.6% к рецепторосвязывающей части субъединицы шипика, и у 23.6%- к капсиду.
Наличие этих антител ( в 2017 году, правда- кто знает были ли они в 2020м) -не помешало этой группе заразиться, заболеть ковидом и даже попасть в больницу.
Так же сравнили наличие антител к шипику родственного коронавируса OC43, и  оказалось, что это тоже не влияло на заболеваемость и госпитализацию с ковидом.
Collapse )
Так что наличие "перекрестных" антител в крови -не ассоциируется ни с меньшим риском болезни, ни с облегчением течения болезни или отсутствием госпитализации.
Конечно, образцы крови (некоторые с 2013 года) могли быть "старыми" и уровни антител в них не отражали "более современные" состояния иммунитета.
Чтоб уточнить, так ли это, авторы смогли наскрести более свежую (май 2019-март 2020, как раз "до эпидемии"), но более маленькую группку (не 250, а около 60) заболевших ковидом, и оказалось, что уровни  антител в их  крови к альфа, бетакоронавирусам и к САРС2 - примерно такие же, как и для более старых образцов.
Парадоксально- что при заболевании ковидом количество этих "перекрестных" антител - нарастает.
Так же интересно- что у тех, кто заболел ковидом- кроме антител к САРС2, начало вырабатываться больше антител к другим бета-коронавирусам. Правда, на выздоровление это не повлияло.
Мои мысли:
1) так может, выявляемые в предыдущие года антитела к САРС2, они не "перекрестные" вовсе?
2) наличие в крови антител  к  различным антигенам САРС2, примерно на таком уровне, как и у переболевших ковидом- почему-то не предотвращает заболевание ковидом,   не облегчает течение болезни, и не препятствует госпитализации (авторы не нашли ассоциаций или корреляций). Т.е, имеющиеся антитела дают очень слабые защитные свойства. Может, конечно, с конкретно заболеванием ковидом или вакциной будет не так на счет повторности, но, основания для пессимизма есть (тем более, что есть и повторные случаи, за полгода, или там, через 1-2 месяца после первой болезни).
Абстракт статьи
Collapse )