Category: животные

Category was added automatically. Read all entries about "животные".

dream

На макаках резус

Статья, "доказывающая" что прививка Модерны работает, защищая макак резус от инфекции "другим штаммом".
Мне она не показалась убедительной. Во всех группах макаки заражались, и все показывали поражения в легких- от минимального до умеренного (включая и опыт, и контроль). Поскольку там данные смешанные и непонятные, их толком и не показали в статье (см ниже цитату).
Вируса выделялось меньше у тех, кого привили 2 дозами по 100мкг, и антител у них было гораздо больше, преимущественно. Но, в принципе, у них все макаки выздоравливали примерно через неделю.
У всех инфицированных было "легкое и среднее"  поражение легких и не известно какое течение ковида.  Предположу, что легкое.
Методы изложены  скромно, а результаты порой слегка "притянуты".
Они определенно есть, о том, что иммунитет выработался, и как-то работает против нового штамма, но не так чтобы сильно выразительные (см на картину болезни, которая была примерно одинаковая у всех животных, без особой привязки к прививке и дозе).
The severity of inflammation, which ranged from minimal to moderate, was similar across lung samples from NHP that received vaccine in doses of 100 μ g x2, 30 μ g x2, or 30 μ g x1 (Figure S6). The inflammatory lesions in the lung were characterized by a mixture of lymphocytes, histiocytes and fewer polymorphonuclear cells associated with variably expanded alveolar capillaries, occasional areas of perivascular inflammation, and Type II pneumocyte hyperplasia.
Новый штамм B.1.351 у привитых нейтрализовался примернов 10 раз хуже, чем тот, от которого привили. Это видно на графике. Логично, и совпадает с данными на людях in vitro,  только там при этом не пишут что  "защищает хорошо", в отличие от авторов этой статьи, а высказывают сомнения.
Данные нейтрализации только по опыту; контроль не приведен- при том что у них у контрольных были антитела к S белку и РСЧ (от 10 до 1000 единиц). Меньше, чем у привитых, понятное дело. Но могли б и показать.
Далее- после прививки, антител было больше у тех обезьян, которые получили дозу не в 100, а в 30 мкг (максимальные значения). А разбросы там такие, что я лично достоверных различий по IgA не вижу даже с контролем. А именно IgA работает в слизитой, инактивируя вирус на месте проникновения и предовтращая заражение. Количество чувствительных Т-клеток, выделяющих разные цитокины, было определенно выше у привитых 2 дозами, но опять- разбросы большие. Достоверно (на вид) только для одной категории фолликулярныйх хелперов. И вот еще- не знаю, на сколько это хорошо, если становится много лимфоцитов, выделяющих цитокины, это такой момент, который лучше бы рассмотреть подробнее- а данных в цифрах нет, просто всю кучкой, и на графике.
Если смотреть непосредственно на выделение вируса из мазков у зараженных привитых макак (их заразили примерно 100 тыс. вирусных копий):
Бронхо-альвеолярная жидкость через 2, 4, 7 дней, копий на миллилитр (праймер на суперкапсид):
Не привитые- 100 тыс-10 млн , 10 тыс -10млн, 10-10млн.
привитые 1 дозой, через 3 месяца - 1 тыс- 1млн, 10- 10тыс, 10-10 тыс
привитые 2мя дозами, 30 мкг через 7-8 недель - 10 -100тыс, 10-10 тыс, 10-100тыс.
привитые 2мя дозами, 100 мкг через 7-8 недель - 10 -10тыс, 10, 10-10тыс.
Так что разброс большой, и на 7 день даже и рост у некоторых привитых наблюдался.
Примерно аналогичная картина и по другому участку РНК вируса (праймер на ядерный белок).
Мазки из носа- без достоверных отличий между группами, до 7 дня включительно- все выделяли до 1 млн копий. Авторы пишут, что они там заражали культуры, чтоб определить заразность выделений, определяя титр вируса, и вроде бы у привитых выделения уже не заражали после 2 дня- однако в методах я не нашла, как они это делали. Я б может и поверила на слово, но мне четко видна предвзятость, по тому как поданы данные, потому буду ориентироватсья на выделение вирусной РНК.  Мазок, как и у людей.
И вирус был в носу у всех групп, включая привитых, до 7 дня. А по другому праймеру, так и до 2 недель, кое-что еще оставалось. И как минимум часть из опытных животных выделяла вируса больше, чем то количество, которым их заразили их (1 млн на мл выделяло, а заразили интраназально дозой меньшей на порядок : "The viral inoculum was administered as...1.25x10*5 PFU in 1mL intranasally (IN) in a volume of 0.5 mL into each nostril"). Значит потенциально - были заразными.
Так что авторы, конечно, старались и показывали, что привика 2 дозами 100 мкг, через 7-8 недель после бустерной прививки, защищает от заражения новым штаммом.
Только я этого не увидела- тк животные в опытных группах у них имели поражения в легких, воспалительные процессы там же, и выделяли вирус из носа до недели после заражения. В чем же защита состоит?
А если тяжести болезни достоверно между группами не отличались (иначе  было б в статье), и вирус выделяется после инокуляции  из дыхательных путей до 7 дней у привитых в том числе, в приличных количествах -
С моей колокольни, это показывает, что и заражение, и заболевание, при инфицировании другим штаммом у привитой обезьяны - есть.
dream

У собак

Исследователи задались целью: проверить, как там с заражаемостью  собак в семьях, где были больные ковидом. Большинство участников знали, что ковид может передаться их питомцам, потому, отметили в опросниках, что были осторожны и минимизировали тесные контакты с питомцами, когда болели сами.
46 семей из Вашингтона и Айдахо, у которых было 67 собак. У 58 собак взяли мазки из носа, у 51- кровь на серологический анализ.
24% питомецв были  ковидно симптоматичны (в свое время).
 Все мазки из носа у собак оказались отрицательными.
43% собак  имели антитела к коронавирусу САРС2. 
С точки зрения авторов, собаки вполне заражаются ковидом от хозяев, и зачастую- симптоматичны. Отрицательные мазки, скорее всего, поясняются тем, что они были взяты   поздно.
Collapse )
dream

Из Сан Антонио

А вот и наш город блистает огнями.
Они словно бусы лягли.
Мы видели много,
мы ездили долго,
с ночевкой, от дома вдали.
Мой маленький птенчик,
капризный порою,
Дорогу вполне перенес.
Всего нам хватило;
полно впечатлений
с включеньем восторгов и слез.
Из памятных самых,
конечно, Сафари:
животных вручную кормить!
Бараны и зебры, еще - антилопы,
и страусов трудно забыть.
Почетным эскортом они у машины,
залезть норовили в салон.
Активно клевали,
за пальцы хватали,
бумаги стащили рулон.
А козочек мелких -
само умиленье! -
погладить, и даже обнять.
За рожки потрогать,
по спинке похлопать,
и сена с кормушки подать.
Все можно, для деток.
В особом загоне
их милые ждут малыши.
Спокойно гуляют,
к себе подпускают,
и как же они хороши!
Дороги длинны,
но куда уж деваться,
раз хочется мир познавать.
Приятно, что нам
иногда удается
другие места посещать.
dream

Ковидные тромбы

Вышла статья исследователей из ЮАР о том, что образование тромбов, которые образуются у больных ковидом, может стимулироваться шипиковым белком коронавируса, самим по себе, и эти тромбы могут быть устойчивыми к лизису.[Spoiler (click to open)]
Для ковида характерны различного рода коагулопатии, от кровотечений с тромбоцитопенией до гиперкоагуляции и тромбоза.
В крови больных ковидом циркулируют биомаркеры разрегулированной воспалительной реакции, спосбствующей коагуляции крови- фибириноген, Д-димер, С-реактивный белок, П-селектин, фактор фон Виллебранда и другие цитокины, которые все могут приставать к эндотелиальным клеткам и способствовать эндотелиопатиям (и образованию тромбов).
С точки зрения авторов, во многом за происходящее ответственен мембранный гликопротеин коронавирсуа- шипиковый белок, находящийся в крови. Он не только находится на суперкапсиде вируса, но так же и слущивается, и может обнаруживаться  "в свободном плавании" в крови, тканях, моче и проходить гемато-энцефалический барьер. Как находясь на вирусе, так и сам по себе, он таким образом влияет на факторы свертывания крови, что они активируются, и образующиеся при этом сгустки- плотные, без организованной структуры, и крупные.
В плазме крови здоровых доноров, без тромбоцитов, в течении 30 минут инкубированной с коронавирусным белком (1 нг на мл)-   образовывались фибриновые сети, даже в отсутствии тромбина (активирующего фибриноген),  и амилоидные сгустки, а в присутствии тромбина формировались фибриновые тромбы (просиходила дальнейшая полимеризация фибрина).
А вот если это была плазма крови больных ковидом- то в присутствии шипикового белка сгустки получались крупными, дезорганизованными по структуре,  кусковыми, мещающими потоку жидкости, а если добавляли тромбин- то за полторы минуты структуры получались такие большие, что, закупоривали капилляр.
Характерно, что в эксперименте, если это была плазма от здоровых доноров (со сгустками из-за тромбина или шипикового белка)- то капилляр можно было "промыть" водой- сгусток "рассасывался", а вот если это была плазма ковидных, то- дудки. Даже под большим напором, капилляр не промывался.
Масс-спектрометрия показала, что в присутствии шипикового белка в гамма- и бета- фибриногене, С3 и протромбине происходят необратимые структурные измененния. Приобретя их, они  становятся устойчивыми к трипсину (в присутствии шипикового белка).
Так же проверяли влияние шипикового белка на цельную кровь (т.е. с тромбоцитами) здоровых волонтеров. Белок коронавиурса гиперактивировал тромбоциты, и микроскопия показала, что в его присутствии так же и эритроциты "склеивались", и начинали формироваться "частички" с участием фибриновых сетей, тромбоцитов и  других клеток,  даже если количество вирусного белка было ничтожным. Все это проявлялось в крови уже спустя 5 минут после встречи с шипиковым белком.

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-Cov-2)-induced infection, the cause of coronavirus disease 2019 (COVID-19), is characterized by unprecedented clinical pathologies. One of the most important pathologies, is hypercoagulation and microclots in the lungs of patients. Here we study the effect of isolated SARS-CoV-2 spike protein S1 subunit as potential inflammagen sui generis. Using scanning electron and fluorescence microscopy as well as mass spectrometry, we investigate the potential of this inflammagen to interact with platelets and fibrin(ogen) directly to cause blood hypercoagulation. Using platelet poor plasma (PPP), we show that spike protein may interfere with blood flow. Mass spectrometry also showed that when spike protein S1 is added to healthy PPP, it results in structural changes to β and γ fibrin(ogen), complement 3, and prothrombin. These proteins were substantially resistant to trypsinization, in the presence of spike protein S1. Here we suggest that, in part, the presence of spike protein in circulation may contribute to the hypercoagulation in COVID-19 positive patients and may cause substantial impairment of fibrinolysis. Such lytic impairment may result in the persistent large microclots we have noted here and previously in plasma samples of COVID-19 patients. This observation may have important clinical relevance in the treatment of hypercoagulability in COVID-19 patients.
Вот еще бы узнать- а может ли такая реакция  формирования сгустков происходить, если в крови есть много клеток, которые экспрессируют на своих мембранах шипиковый белок- для представления иммунитету..
dream

Заболеваемость и тяжесть течения

Из  моих размышлений по тому, только ли АСЕ 2 рецепторы (их качество и количество) обусловливают то, заболеет ли человек или животное, и  тяжесть течения болезни.
Из того, что известно- доминантный путь проникновения в организм хозяина, для коронавируса- это посредством АСЕ2 рецепторов. Эти рецепторы обильно представлены на клетках ряда систем нашего организма, которые и поражаются в первую или вторую очередь. Чаще всего это дыхательные пути и желудочно-кишечный тракт (собственно, ворота инфекции).
Логично предположить, что чем больше рецепторов, и чем лучше под них "заточен" вирус- тем больше будет шанс заразиться, ну и заболеть, и вирус  сможет поразить больше клеток (да и обеспечить, таким образом, тяжесть заболевания).
Исходя из уже имеющихся данных, что вирус отлично связывается с человеческими рецепторами АСЕ2, команда ученых решила проверить, у каких животных рецепторы АСЕ2 достаточно структурно и последовательно похожи на наши, чтобы коронавирус САРС2 мог к ним присоединяться, и вызывать заражение клеток (и болезнь). Они проверили последовательности белков этого рецептора примерно у 400 позвоночных животных разных видов, и результаты их усилий можно посмотреть тут. Обширные приложения к работе открываются в Экселе.
Что же мы видим. Самая группа риска- это различные приматы- 20 видов. Предсказанная подверженность заболеть ковидом- "очень высокая". Человек, кстати-  в этой группе "очень высокого риска" - на 7 месте, после макак резус.
Согласно этому распределению по "сродству"- макака резус, да и другие приматы, должны были бы болеть примерно так же, как и люди.
Однако, это теория.
Что нам показыает практика (пока). В испытаниях вакцин компании заражали макак резус (и привитых, и нет) огромными дозами коронавируса, и в нос, и прямо в трахеи (чтоб гарантировано попало влегкие). Однако, обезьяны, хоть и заражались,  не показывали клинической картины болезни, такой, как у людей. В основном, они болели "асимптоматично",  если это можно назвать болели при отсуствии любой клиники, кроме ПЦР мазка и скана легких (некоторые изменения  в легких были, но они животным не мешали), и примерно через неделю после заражения вирус из носа у них уже не выделялся, да и из легких исчезал  тоже. Конечно, группы зараженных животных были сравнительно невелики, и может, если б заражались сотни обезьян, среди них бы нашлись такие, у которых картина похожа на человеческую (среднюю или тяжелую). Но на уровне нескольких десятков этого нет. Не смотря на превосходную похожесть АСЕ2 рецепторов.
 Что известно из практики по тому, какие животные страдают от ковида, как  и люди? Это норки. Норки болеют "хорошо", с выраженной картиной, похожей на человеческую,  и часто умирают в результате инфекции, и отлично передают вирус друг другу (в популяции оказываются зараженными 9 из 10) и даже человеку обратно.  При этом, согласно данным исследования, связываемость коронавируса с АСЕ2 рецептора норок должна быть "очень низкой"- норки аж на  297 и 347 месте  по "сродству".
Известно так же, что коронавиурсом  (и САРС, и САРС2,) "показательно" болеют хорьки. Но хорьки там на 298 и 355 месте. Риск их болеть,как и у норок- "очень низкий".
 Кто болеет еще? Домашние кошки.  Чаще всего переносят легко, друг другу и человеку вроде бы не особо передают. Они на 77 месте, со "средним" сродством к рецептору.
Подковоносые летучие мыши,  среди которых, вроде бы, обнаружен самый близкий родственник СРАС2 в дикой природе (92% сродства) -на 125 месте (низкая связываеомость с их  рецептором), риск инфекции -"низкий".
Как же так?
Выходит, что АСЕ2 рецепторы не только и не столько ответственны и за заражаемость, и за тяжесть течения болезни ковид.
Вероятно- коронавирусы могут проникать не только через АСЕ2 (иначе как пояснить заражаемость кошек, и тем более летучих мышей и особенно норок с хорьками). И поражать не только эти эпителиальные клетки, несущие АСЕ2.  А, возможно, что-то еще. И за тяжесть течения и клинические проявления "ответственны" не только "очевидные" мишени (несущие АСЕ2 рецепторы, и разрушаемые вирусом), но и некоторые другие, еще не обнаруженные факторы. Или те, на которых пока не акцентируется внимание.

dream

У САРС2, думаю, примерно так же.

Полезные статьи об особенностях коронавирусных белков (с акцентом на САРС).
Coronavirus envelope protein: current knowledge - про белок суперкапсида.
И о мембранных белках - The M Protein of SARS-CoV: Basic Structural and Immunological Properties
dream

Пассажи вируса

Пассаж  микроорганизма (тут- вируса)- это поледовательное "культивирование" его в живой среде. Контролируемая передача "чистого" возбудителя от одного животного - другому.
Если организм животного "восприимчив" к вирусу- то можно получить вирусную линию  с более  высокой вирулентностью или патогенностью (для  этого вида животного). Collapse )
dream

Три жизни

Сегодня молодежь сподвигла нас встречать рассвет на берегу.  Ну, это надо проснуться так рано, чтоб увидеть как солнышко встает из-за соседних гор над заливом. Малой бурчал, что мол, встали рано, прийдем, а там облачно, и ничего  супер-зрелищного нет (так оно примерно  и вышло, кстати: были тучи на востоке, стелились прямо над горами и частью залива). Тк жаворонки мы скорее по нужде, чем по сути, ворчание понять можно.
Выдвинулись, встретили рассвет,  возвращаемся. В ставочке плавает одинокий то ли утенок, то ли гусенок.. Родителей нет. Молодежь моя-  как же так, надо спасти! Постояли, подождали, не появится ли мама или папа... тишина. В окрестностях нету никаких намеков на родителей. Птенчик тем временем, плавая кругами, кунял, и видно, что замучался вовсе -похоже, плавал он давно.  Как спасать? Дно топкое, да и уплыть может. Байдарка- зашибить нечаянно можно. Побежали домой. Там есть сачок. К сачку можно привязать палку подлинее, чтоб выловить.  На подходе  к дому, видим, собака рванула к соседнему гаражу. Песика придержали, но что-то же его там заинтересовало?
Подошли, глядь.. Два птенчика, желторотика, уже немного оперившиеся, жмутся от страха и холода друг к дружке, и к гаражной двери, а летать не умеют еще (чересчур молоды)- тупиковая ситуация. В гнездо им не добраться никак, родители тут не помогут, и убежать некуда. Улететь не умеют еще. Родители - то рядом, то пытаются "увести".
Крапивнички. Или кошка, или собака, или енот, или дверь в гараже откроют- и - привет! Нету больше птенчиков. Этих тоже надо  спасать. Куда их? Похоже, вывалились из гнезда. А рядом гнезда нет, похоже, вывалились из отдушины (у нас тоже, в отдушине от сушилки птицы вют гнездо,  и растят там птенцов из года в год, потому я сушилкой не пользуюсь)- там как раз выход на гаражом. До гнезда не достать, а если их просто туда посадить, скорее всего, выпадут снова. А может и не оттуда? Вот елки-то!
Общество по охране животных, не особо работает, тк карантин же. Да и рано, 6:30 утра. Вот уж, прямо одно за другим, с этими бедными птенцами.
Разделились, часть пошла ловить гусенка, часть - заниматься двойней. Нашли дома подходящую картонную коробку из под чая, настригли туда носков, взяли скотч и вернулись. Посадили мальцов в коробку, они притихли, а коробку мы пристроили в плюще на планке  под гаражным карнизом, замаскировав листьями. Ну- сделали что могли,   тк под гаражной дверью им бы не выжить 100%. С надеждой, что родители все же следят и коробку с детьми найдут. Или мальцы, подадут им сигнал, где они. Все же шансов больше, чем оставить "просто так". А в квартире  мы вряд-ли их вырастим- все таки, не Джералды Дареллы. И карантин не помогает начинающим птицеводам.
Тем временем, гусенок появился у нас дома, ему приготовили мешочек из носка с рисом,  для согревания, и пару бутылок теплой воды. Тк после многочасового плавания прохладной воде он должен быть порядком охлажден. Он бэбик, все же. Он, до того изможденный был, что просто свалился и отключился. Ни есть, ни пить не смог. Наверное, если б мы его не выловили, он вскорости бы утонул, тк держался из последних сил..
Ну,  не знаю, чем история окончится. Тепло и покой ему обеспечили, а остальное- как организм справится. Конечно, найти его родителей не реально, а другие могут не принять.
Хорошо, у нас друзья снова подарили своей дочке на выращивание утят (из яиц) три недели тому. Они уже выращивали так, и выпустили  6 пар, на волю, когда те подросли. Мы помогали, в свое время.  Это все занятно и хлопотно, особенно когда малыши. Чистить- кормить- купать- сушить- выгуливать. И учить летать.. Эпопея.  Утки  после "выпуска" еще некоторое время прилетали "домой", подкормиться, иногда, но, потом пришел сезон размножения, и они обзавелись своими гнездами и обросли своими заботами. Одичали окончательно. У друзей, в общем, есть опыт, дворик и свой гараж, а не апартменты, как у нас. Послали им сообщение, и они согласились приютить Каштанчика (кроме как спасти и согреть, мы успели его назвать). Хотя, конечно, это гусенок, раз, другой возраст, два, требует отдельного места (и карантина), три..
Ну, думаю, в "друзьях" Джои и Чандлер растили у себя в квартире утку и петушка,  и если не возьмут  знакомые, будем растить мы, хоть и не особо приспособлены. Однако, друзья рискнули принять брошенного, хотя сказали, что очень слаб,  кто знает, как оправится.  Сказали- знают, что такое дело случается- еноты гоняют птиц, и старшие могут улететь (на что еноты и рассчитывают), а малыши могут спастить только в воде,  и, бывает, теряются, особенно когда темно. 
Уф. Надеюсь,  выживет, оклемается, и вырастет.  Пока его разбудили, напоили, есть он еще не может, сильно слаб, и посадили под нагревающую лампу, отдельно от утят, где он  снова заснул.
Когда вернулись домой, решили проверить, как там, с новым "гнездом"- нашли ли его родители?
Нашли. Гора с плеч. Когда мы подошли поближе, оттуда выпорхнул кто-то из "старших" и унесся на дерево.
Сработало, пока что. Теперь хорошо, чтоб никто другой  не добрался до коробочки.
Пошли встретить рассвет, называется, и сплошные стрессы.
Поживем-увидим..