chuka_lis (chuka_lis) wrote,
chuka_lis
chuka_lis

Categories:

Хронический ковид

Не смотря на то, что большинство подхвативших ковид справляются с болезнью и вырабатывают иммунитет (и нейтрализующие антитела, и  клеточный), некоторая часть, все же, продолжает выделять вирус, даже спустя недели после выздоровления,  и он определяется в мазках, в том числе и из носа.
Группа ученых озадачилась определить- продолжается ли в этом случае инфекция, работа иммунитета, и присходит ли заражение других?
В весенне-летний период 2020 они забирали кровь на серологический анализ ( Ig, IgA и IgM,  Т-лимфоциты), а так же 2 раза брали мазки из носа у 203 переболевших добвровольцев (которые были минимум 2 недели почти асимптоматичными после перенесеннокго ковида, подтвержденного ПЦР тестом, разве что продолжались некоторые проблемы со вкусом-запахом и работой ЦНС). В среднем, такая картина получилась примерно через полтора месяца после первых симптомов болезни. Около 84% из выборки имели легкое-умеренное течение болезни, остальные нуждались в госпитализации, включая примерно 3.5% с реанимацией
Что же вышло.
Почти 13% переболевших были "положительными" спустя 3.5 недели  (в среднем) после болезни. Через 3 месяца это было 5%. Любопытно, что бОльшая часть часть из этих 5%- были "новенькие"- т.е, у кого в первый раз мазок был отрицателен. Никто из "положительных" не имел симптомов ковида в прошедший с выздоровления период.
Авторы склоняются к мысли, что реинфекция была маловероятна.
Кто знает. Может и так. Но если не реинфекция- есть еще шанс, что вирус не выделяется равномерно-постоянно,  а  делает это периодично.  Тогда можно просто при заборе мазка попасть в "окно" когда вируса почти нет, или нет. По хорошему, конечно, мазков должно быть больше чем 1, для выводов- но что уж есть.
Касательно количества выделяемого вируса- то оно было обратно-пропорционально времени после выздоровления. Чем дольше, тем меньше вирусной РНК. Так же, среди тех, у кого обнаружиавался положительный ПЦР, большинство было с легкой и умеренной формой течения ковида,  или асимптоматичных в анамнезе.
При этом достоверных отличий в длительности течения ковида, и по количеству симптомов, между "положительными" и "отрицательными" (среди легких и умеренных, спустя время),  обнаружено не было.
С возрастом и полом ассоциации не было. Но, была  другая  ассоциация- шансы на то, что вирус обнаружится "потом" были выше для тех, у кого ковид протекал легче.
Уровни антител к коронавирусу у тех, кто был с положительным ПЦР и отрицательным, между собой достоверно не отличались.   Я думаю, потому что большой разброс внутри групп.

Спустя 45 дней в среднем, с начало симптомов, у 99.5% выборки были специфические антитела в крови.
Во время забора первого "постковидного мазка",  у тех, у кого он был положительный, обнаружилась обратно пропорциоанльная связь между уровнем антител в крови и уровнем вируса в мазке.  Чем выше был общий титр антител, тем меньше было копий РНК.
Интересно, что у некоторых, продолжавших выделять вирус, уровни антител были очень высокими. Это не мешало выделению вируса.
Так же, любопытным оказалось и то, что у некоторых добровольцев, которые были в группе "отрицательных" на мазок  к ковиду после болезни-  антитела в крови не нашлись вовсе. Авторы предполагают, что такие больные  (наверное, 1 или 2) справились только клеточным иммунитетом. Однако,  не стоит забывать, что  у них была легкая форма болезни, а первый тест мог ведь быть и ложно-положительным. Тут желательны детали, которых нет в статье.
Зато выяснилось, что у "положительных" на ковид были существенно увеличены уровни Т-киллеров. Лимфоциты проверили и по количеству,  и по тому, какие антигенные эпитопы они представляли на своих мембранах. Оказалось, что у "положительных", чем выше был уровень вируса в мазке- тем больше было и Т-киллеров, и тем более разнообразнее была их антикоронавирусная популяция.
Так же выяснилось, что количество специфических Т-лимофоцитов уменьшается со временем после болезни, плавно сходя на нет.
Для подтверждения того, что то, что определяется в мазке, является вирусом, а не "остатками РНК", авторы использовали другой метод, чем ПЦР реального времени, ddPCR, который, как они отмечают, 100% чувствительным именно к вирусу, тк культивирование на клетках  имеет свои погрешности: и с  порогами, и с протоколами, и особенно при том, когда количество вируса в мазке малО (если  для ПЦР нужно боле 24 циклов)
It has been suggested that persistent PCR positive signals originate from nucleic acid remnants [] and also shown that SARS-CoV-2 outgrowth cultures can only be established if a corresponding RT-PCR Ct value is below 24 [], implying that above this threshold, in vitro infectivity is insignificant. We used ddPCR, which is more sensitive and allows for an absolute quantitation of copy numbers as compared to RT-PCR[20]. As opposed to RT-PCR, ddPCR is shown to have a sensitivity of 100% in detecting SARS-CoV-2. We did not perform outgrowth culture of virus, as this also has certain limitations when viral copy numbers are relatively low. Pharyngeal swabs also collect mucosal neutralizing IgA, which can opsonize viral particles and thus bias the outcome of a swab-based culture. Further, the minimal amount of virus necessary in a biological specimen to initiate and propagate infection in vitro remains undefined making it even harder for in vivo projections.
Я, кстати, с ними соглашусь,  что при отсутствие культуры "в пробирке"  на основании, допустим, 1 мазка, неверно заявлять, что это 100% подтверждает, что выделяемый вирус "недееспособный", или "это просто РНК".
Еще,  что важно.
От "положительных" на ковид после болезни в период исследования (757 близких контактов)  никто не заразился. Хотя, конечно, этот период был 23 дня в среднем. И авторы не тестировали, а опрашивали контакты,  причем только тех, кто контактирвовал с добровольцами из выборки более 1 раза. Так что некоторые варианты  упущений передачи - возможны.
Авторы поясняют свою находку так:
Поскольку  "положительные" ПЦР были не сами по себе, а с сопуствующим ростом (количественным и качественным)   соответствующего звена Т-клеточного иммунитета, то, вероятнее всего, в организме происходила репликация вируса. Именно она давал "положительный мазок, и благодаря ей стимулировались  на борьбу "противовирусные" Т-киллеры.
С точки зрения авторов, у таких "носителей вируса" имумнная система "контролирует" вирус, потому они не симптоматичны, и не заражают. Скорее всего, выделяемые вирусы  не собо заразны, тк покрыты "связывающими" шипики антителами (и прочим). Вклад таких носителей, в общую популяционную заражаемость, будет невелик.
Подобные примеры "контроля"  иммунитетом, продолжающим при этом развиваться и совершенствоваться, вируса,  присутствующего в организме,  и длительного выделения вируса (порой месяцами), обнаруживаются, так же, у САРС, МЕРС, Зика, Эбола, кори и др.
Но если иммунитет ослабнет- то у такого носителя могут, соответственно, появиться и симптомы, и передача вируса.
Выдержки:
Persistent pharyngeal SARS-CoV-2 PCR positivity in post-symptomatic individuals is associated with elevated cellular immune responses and thus, the viral RNA may represent replicating virus. However, transmission to close contacts was not observed indicating that persistent PCR positive individuals are not contagious at the post-symptomatic stage of the infection.
In contrast to previous reports, we did not find an association between age and persistent viral RNA detection (Fig. 2f)[5].

In conclusion, while the fraction of SARS-CoV-2 PCR positive individuals declined over time for the entire cohort, we detected SARS-CoV-2 RNA for as long as 109 days after onset of COVID-19. We found that participants in COVID-19 disease severity group 1 were more likely to be persistently PCR positive.
...we conclude that seroconversion does not eliminate viral RNA from the pharyngeal mucosa, although a higher SARS-CoV-2-specific total Ig level may be associated with lower likelihood of persistent shedding.

Among 757 close contacts, zero new COVID-19 infections were identified for a period of 23 days (median) after recovery, corresponding to a transmission risk of 0–0⋅13% for developing symptomatic COVID-19 among close contacts of persistent PCR positive individuals.

We found that individuals with a higher pharyngeal viral load also had increased breadth and magnitude of the SARS-CoV-2-specific CD8 T-cell responses (Fig. 4a–b). Further, we found that the magnitude of the CD8 response correlated with SARS-CoV-2 copies/swab suggesting that a higher viral load maintains a CD8 T-cell response (Fig. 4c). Also, we found a negative correlation between the magnitude of the CD8 T-cell response and time from symptom onset to sample collection, indicating that the CD8 T-cell response wanes over time (Fig. 4d) comparable to what was observed for pharyngeal viral load (Fig. 1b). Lastly, we found that persistently PCR positive individuals had increased breadth and magnitude of the SARS-CoV-2-specific CD8 T-cell response compared to PCR negative individuals (Fig. 4e–f). Based on the data, we find evidence that persistent PCR positive individuals exhibits elevated SARS-CoV-2-specific CD8 T-cell immune responses

Our finding that a total of 14⋅3% of the participants were repeatedly PCR positive for a prolonged period after recovery is in line with previous data.
However, the duration of this period is greater than any previously reported (up to 109 days after onset for this cohort).
Further, during follow-up, a subset of participants had remarkably high viral loads (103 copies per swab) which is comparable to what is found in symptomatic/acutely affected individuals
Interestingly, we found that on a cohort level, seroconversion did not affect SARS-CoV-2 RNA shedding, as individuals with high antibody levels were also observed in the PCR positive group. We also observed that individuals with immunoglobulin levels around or below the limit of detection were found in the PCR negative group. Therefore, seroconversion is not a requisite leading to complete elimination of viral RNA. On the contrary, we found that levels of SARS-CoV-2-specific CD8 T cells were increased in PCR positive individuals.

However, the duration of this period is greater than any previously reported (up to 109 days after onset for this cohort). Further, during follow-up, a subset of participants had remarkably high viral loads (103 copies per swab) which is comparable to what is found in symptomatic/acutely affected individuals.

Given that RNA is labile and based on the anti-SARS-CoV-2 CD8 T cell data presented here, we propose that virus from persistent PCR positive individuals is in fact viable and/or intact, but that other factors, like e.g. mucosal IgA, prevents transmission
Tags: здоровье, иммунитет, коронавирус, статьи
Subscribe
  • Post a new comment

    Error

    Anonymous comments are disabled in this journal

    default userpic

    Your reply will be screened

    Your IP address will be recorded 

  • 2 comments