May 24th, 2021

dream

Рано, рано еще "отменять" меры

К сожалению, в США сейчас активно готовится почва для следующей волны ковида.
Сверху спускается здоровый пофигизм в отношении тестирования и ношения масок у привитых, и ввиду того, что благодаря спаду волн эпидемии и росту количества привитых, случаев ковида стало в разы меньше, чем на пике, противоэпидемические меры где плавно, а где радикально сходят на нет.
Collapse )
При этом вирус из популяции никуда не делся, да и есть места, где заражаемость и заболеваемость на пике, и новые штаммы плодятся с усиленной скоростью. И ничто не будет мешать им распространяться- при отсутствии противоэпидемических мер. В том числе в странах,  где люди прививаются охотно и сейчас случаев ковида - мало. Модели показывают, что не смотря на привитость, новая волна- это практически неизбежное явление.
Вышел очередной препринт на тему опасности повторения волны ковида: ситуация смоделирована на основе данных вспышек в Манаусе, где, не смотря на "природный" популяционный иммунитет после первого удара эпидемии, новый штамм внес свою лепту в формирование последующей волны с высокими уровнями госпитализации и смертности.
Согласно данным статьи, варианты (штаммы) коронавируса, уже присутствующие в популяции, будут способны через несколько месяцев преодолеть иммунитет, вызванный прививкой, и будут являться причиной новой вспышки- если убрать или пренебречь противоэпидемическими мерами.
У меня есть надежда,, что здравомыслящие люди, все же, будут продолжать, на индивидуальном уровне, соблюдать дистанции, носить маски и поменьше собираться толпами в закрытых помещениях, не смотря на обещанную раздачу розовых слонов от официальных лиц.
Collapse )

dream

Следите за руками

Напоминает игру в наперстки.
Позиция СДС по вопросу на счет инфекционности, да и диагностирования случаев ковида среди полностью привтых, отличается от таковой для непривитых граждан США.
К привитым требования почему-то меньше: для того, чтоб они считались инфицированными коронавирусом, и заразными, ПЦР циклы в тесте у них должен быть не более 28. Об этом есть специальные инструкции лабораториям.
(Clinical specimens for sequencing should have an RT-PCR Ct value ≤28. )
Разумеется, те из привитых, у кого, допустим, 28-33 цикла, точно так же инфицированы, и могут передать вирус окружающим, хотя, возможно, чуть реже или чуть меньше. По сути они ничем не отличаются от тех, кто не прививался, и имеет асимптоматичный или малосимптоматичный ковид, и представляют опасность для окружения- точно такую же. При этом, если привитый человек контактировал с ковидным, тестировать привитого, согласно новым рекомендациям СДС, "не нужно", ну, пока у него не будет выраженных ковидных симптомов.
Вообще, обычно в ПЦР тесте определяют "положительность" на ковид при пороге около 35 циклов, а для некоммерческих тестов для САРС2 это может быть и до 40. Чем выше число циклов- тем меньше вируса в образце (в конкретном образце, а не вообще у человека итп). Однако, количество вируса в образце может варьировать в зависмости как от дня болезни или заразности, продукции вируса, так и от времени суток, да и от того, как и кем взят мазок. И вообще, умеренно коррелирует с заразностью или количеством вируса, которое выделяет пациент.  А иногда и я тяжестью симптоматики тоже не особо связано. У того ж СДС:
Collapse )
Тк применяющиеся тесты- качественные, они показывают, есть или нет вирус в образце, и все. Искусственно снижая порог определения у лабораторного теста, просто убирается из реальной картины часть инфицированных. Для улучшения статистики, так сказать.
Двойной стандарт налицо.
Смотрим на результаты определения "порогов" положительности ПЦР теста от Абботт и параллельного культурирования вируса


и видим, что у тех, у кого не было симптомов, на уровне 28-30 циклов вирус вполне культивировался (те "живой"). И авторы считали, что их тест уже менее надежный после 33 циклов (ложно-положительность). Но вообще, прогоняли до 40 циклов. Никак не 28.
Каждый тест имеет свой "порог", но 28 циклов- это довольно низкий, и на мой взгляд- неоправданно низкий.
Кроме того, порог теста устанаваливается от компании -производителя, а не "диктуется" минздравом в угоду желаемому.
Смотрим документ от департмента здоровья Теннесси, где вполне внятно расписано что к чему ( в этом отношении сайт СДС оказывается не лучшим источником информации, увы)
Collapse )
Есть публикация дискуссии, в которой для снижения ложнопозитивных результатов теста предлагается уровень 30-33 циклов как "пороговый", хотя и обговаривается, что для большинства исследователей и лабораторий используется сейчас 35-40 циклов, и даже 45.
Пороги для позитивного результата теста на ковид в лабораториях были до 40 циклов для большинства тестов (включая и разработанный СДС):
Collapse )
Предложения от директора вирусологической клинической лаборатории НЙ госпиталя - "30-34: -это слабо-положительный тест".:
Collapse )
Как видим, это совсем не 28 циклов, рекомендованные СДС для привитых (все, что выше 28 циклов - "отрицательный тест").
Занятно, что такой двоякий подход СДС, кроме прочего, будет игнорировать приличную часть случаев инфекций ковида среди полностью привитых- т. к СДС сосредоточится ТОЛЬКО на случаях ковида, требующих госпитализации или случаях смерти.
Collapse )
Это манипулирование данными неизбежно приведет к тому, что в попуяции будут циркулировать и накапливаться новые штаммы (тк привитые будут и "здоровы" и "незаразны" (см. низкий порог детекции), могут везде бывать, и общаться со всеми (тк для них от федералов противоэпидемических ограничений нет, если они не симптоматично госпитализированы), и передавать вирус (если заразились)- пока вирус не попадет к кому-то уязвимому, где может реализовать свой потенциал в болезнь, да и мутировать тоже.
Оставляю в стороне, что используемые ПЦР тесты могут иногда и "не ловить" новые штаммы вируса (которые вполне могут "пробивать" имумнную защиту, полученную предыдущим ковидом или прививкой).
Так что, усилиями СДС получается картина интересная:
в апреле в США было около 9.2 тысяч случаев ковида среди полностью привитых (95 млн), а в мае стало уже около 1.9 тысячи на 123 млн привитых. Да, они пишут что 1.9 тыс это госпитализированных или умерших, но это все же мало показывает картину с пробоями иммунитета спустя время после прививки, и фактически слабо отражает заражаемость привитых, акцентируя только на эффективности вакцины для тяжести заболевания.  И где людям брать информацию о заболеваемости привитых? Если их даже не проверяют? И из симптоматичных включают только госпитализиваронных?
Это хорошо, что прививка снижает тяжесть, но это отдельно от заражаемости и не тождественно предупреждению болезни. И не только тяжесть болезни определяет наличие эпидемии.
Может, конечно, пришло время вообще только случаи госпитализации и смерти при заражении коронавриусом считать ковидом, но тогда уж это должно быть одинаково что для привитых, что для непривитых. Без двойных стандартов.
И вообще, если так относится к ковиду (что только госпитализация и смерть будут учитываться)- то, допустим, и гриппом считать надо только тот уровень тяжести болезни, когда нужна госпитализация (с тестом, разумеется), или когда случается смерть.
И другие инфекционные болезни, аналогично. Ибо с какой стати, считать туберкулез тубрекулезом, и учитывать в статистике, и и бороться как-то, если с человек не лежал с ним в больнице? Долой всех  больных с закрытой формой туберкулеза, и тем более "латентных", из статистики по заболеваемости. Только те, у кого культурируется микобактерия из мокроты- больны туберкулезом, и точка.
Ну и всякие там ОРЗ-ОРВИ, или гастроэнтериты, если не требуют госпитализации и не приводят к смерти - то и не болезни вовсе.
А просто люди так по-разному здоровы, когда сталкиваются в патогенами...