March 4th, 2020

dream

К вопросу диагностики коронавируса

Researchers at Tongji Hospital in Wuhan, China, concluded that CT should be used as the primary screening tool for COVID-19.
According to the latest guidelines published by the Chinese government, the diagnosis of COVID-19 must be confirmed by reverse-transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) or gene sequencing for respiratory or blood specimens, as the key indicator for hospitalization. However, with limitations of sample collection and transportation, as well as kit performance, the total positive rate of RT-PCR for throat swab samples has been reported to be about 30% to 60% at initial presentation.
In the current public health emergency, the low sensitivity of RT-PCR implies that a large number of COVID-19 patients won’t be identified quickly and may not receive appropriate treatment. In addition, given the highly contagious nature of the virus, they carry a risk of infecting a larger population.

Recent research found that the sensitivity of CT for COVID-19 infection was 98% compared to RT-PCR sensitivity of 71%.

Collapse )
Потому что  нацелены на другое, и имеют  другой опыт (знания).

 

 

</div>
dream

Два варианта коронавируса

определили на данный момент., провеля генетические исследования 103 образцов вируса из разных мест

"Population genetic analyses of 103 SARS-CoV-2 genomes indicated that these viruses evolved into two major types (designated L and S), that are well defined by two different SNPs that show nearly complete linkage across the viral strains sequenced to date. Although the L type (∼70%) is more prevalent than the S type (∼30%), the S type was found to be the ancestral version"
Сама саттья в формате ПДФ тут.

Basically the Less virulent S strain multiplies slower, so it takes people longer to become infectious and they shed less virus, but the milder illness means they are more likely to travel or work.

The More Virulent L strain replicates faster, so your get more severe disease in a wider age group, shed virus early on when you are asymptomatic, but symptoms are more pronounced allowing for quarantine intervention.

Здесь наглядно 
распространения  ковариантов и прочие детали.

Любопытно, что, вероятнее всего, первый американский пациент, которого лечили и вылечили в шт. Вашингтон, за время своего короткого пребывания в Пекине (который не ьыл карантинным, и имел что-то оуоло 2 случаев на город), подхватил оба (!) штамма коронавирсуа:
"The viruses isolated from a patient that lived in the United States (USA_2020/01/21.a, GISAID ID: EPI_ISL_404253) had the genotype Y (C or T) at both 8,782 and 28,144. The most likely explanation is that this patient was infected by both the L and S types. Note the reference is L type"

Толковая интерпертация данных статьи с реддита
"They found 2 strains of SARS-COV-2, the L type and S type. From the samples collected in Wuhan early January, there were up to 97% ish infected with L-type and only 3% ish infected with S-type. They traced back the similarity of L-type and S-type structure to other bat viruses (predecessor viruses) and found out that S-type actually has more similarity to them, while L-type is more specific and mostly only similar to S-type. It could indicate that L-type is actually the mutated version of S-type, and thus more agressive.

Samples from outside Wuhan show only 70% ish infected by L-type and 30% ish infected by S-type. The lower number of L-type outside Wuhan might suggest the draconian measure China implemented on Wuhan actually work, with severe cases caused by L-type infection being tracked and isolated earlier so it decreases the rate of infection, while milder cases caused by S-type (possibly carried by travellers internationally) are roaming around more free because they more likely spread undetected.

There are also 2 cases that show you could be infected by both strains. The case in America (someone from Wuhan) and the case in Australia (also someone from Wuhan), both had been proven to be infected by L and S types. It's still inconclusive that this is the norm however since there are no more case studies on that.

I think it explains how in some people they only show mild symptoms while in others more severe, or even become fatal overnight. Take Iran as example, they probably have more L-type than S-type, while South Korea probably has more S-type than L-type."

Есть шансы, что линии могут разойтись и дальше, а так же,, ввиду уже приличного охвата члоевеческой популяции, на появление других вариантов, еще более приспособленных к заражению людей.



dream

Возвращаясь к изобретению велосипеда

Китайские медики, проанализировав данные по заболеваемости и смертности  при Ковид-19, пришли к мнению, что более высокий уровень смертности обусловливает не только тяжесть заболевания сама по себе, но и наличие доступного профессионального лечения. Особенно для тяжелых случаев и вовремя.
"As recorded by the Chinese Center for Disease Control and Prevention (China CDC), by Feb 16, 2020, there had been 70 641 confirmed cases and 1772 deaths due to COVID-19, with an average mortality of about 2·5%. However, in-depth analysis of these data show clear disparities in mortality rates between Wuhan (>3%), different regions of Hubei (about 2·9% on average), and across the other provinces of China (about 0·7% on average). We postulate that this is likely to be related to the rapid escalation in the number of infections around the epicentre of the outbreak, which has resulted in an insufficiency of health-care resources, thereby negatively affecting patient outcomes in Hubei, while this has not yet been the situation for the other parts of China (figure A, B). If we assume that average levels of health care are similar throughout China, higher numbers of infections in a given population can be considered an indirect indicator of a heavier health-care burden. Plotting mortality against the incidence of COVID-19 (cumulative number of confirmed cases since the start of the outbreak, per 10 000 population) showed a significant positive correlation (figure C), suggesting that mortality is correlated with health-care burden.
Задача государства (?)- избежать перегрузки на имеющиеся мед.ресурсы-структуры, во время эпидемии.  В первую очередь- снижением количества случаев заболевания (карантин, локдаун, итп) и последующим за этим "замедлением" потока больных.
Логично, что если реанимация нужна 10, а есть только 2 палаты, остальные 8 больных остаются на милость судьбы. И следующие  10, прибывшие через пару дней, тоже "свободны", тк первые 2е пока еще в реанимации (тк с короновирусом это может продолжаться неделями). И когда из 10 медсестер заболеют 3, оставшиеся не смогут адекватно ухаживать за нарастающим количеством больных. Хуже уход- хуже исход. И тд.
Во вторую- наращиванием возможностей мед системы (что было сделано в Китае тоже- полевые и не только госпиталя, переборска военных медиков в количестве 40 000 человек).

Пока что я не вижу,  как рекомендованное добровольное самоизолирование (при остуствии экономической поддержки) и самолечение может помочь избежать перегрузки американских скорых и госпиталей, ресурсов которых априори недостаточно для ожидаемого наплыва тяжелых больных- при отсутствии контроля за распространением ( в том числе адекватным диагностирваонием наличия вируса).

Тут никак не достаточно частого мытья рук по 20 секунд с мылом, основной рекомендации от департментов здоровья и врачей.


dream

Как считать?

Получилось длинно, отвечая на комментарий gracheeha в посте
Я думаю, 3.5%- это достаточно высокая смертность. Чтобы принимать меры  во избежание эпидемии. И бояться заболеть, тоже.
 Более логично считать смертность, конечно, по уже "произошедшим случаям" (количество переболевших), особенно с учетом того, что заболевание  Ковид-19 может длиться от пары-тройки недель (легкая форма) до пары месяцев (тяжелая). И кто еще знает, какие у "выздоровевших" будут исходы спустя некое время. У коронавируса может быть неплохой убийственный потенациал и далее (есть идеи, что он может поражать ЦНС или способствовать возникновению лимфом), включая осложнения агрессивного лечения. Так что, в случае чего, это все будут смерти, ассоциированные с этой же болезнью.
Заболевают КОВИД-19 больше и быстрее, чем умирают, и болеют долго- это как бы "разбавляет" популяцию и снижает реальные показатели смертности. Но "идеальные" условия для подсчета появятся не скоро.
 Приятнее считать, что  умирает 1%, как пишут в американской прессе (что в 10 раз выше чем при гриппе), и тешить себя надеждами, что в мире гуляет мильйон (или 100 млн) асимптоматичных,  или слабосимптоматичных, а значит, гипотетический "реальный" риск смертности - еще ниже. А что? К реальным случаям болезней добавляем произво-оооольное количество "асимптоматичных-недетектирвоанных" случаев- и- вуаля- можем получить ту смертность, которая устроит департамент или публику. И этот коеффициент будет ниже, чем рассчитанный китайцами, ВОЗ, итальянцами, и тп.
Удобно, так моделировать. какие параметры задашь, то и получишь.
Вон если посчитать смертность по шт. Вашингтон- то она будет самое то, в развитой стране. 29 диагностированных случаев, 10 смертей.
 30%. это по случаям. А если по выздоровевшим и переболевшим- то смертность будет 90% (выздоровел пока что всего всего 1 из 29 больных). Вобще ужасное число. Что ж там, в Вашингтоне, медицина в зародыше или отсутствует? Хуже, чем в Китае на первых порах.
Не привлекательная картинка. Неправильная, на такое невозможно ориентироваться.
Или США не развитая страна?
Ну, тогда по всем США -140 заболевших и 10 смертей. 7%. тоже как то не то, высоковато? Все еще не пропагандируемый 1%?
Но это определенно ниже, чем 50% (из всех больных в США, которые  уже "переболели", выздоровело 9, и умерло 10).
Будем смотреть на Сингапур, тк нам не подходят свои цифры, китайские, корейские, итальянские,  а подходят те, где ниже. Вот у Сингапура- развитая медицина, мало смертей. У ГонКонга,  у Таиланда. Австралия еще ничего, Малайзия и Вьетнам. На их показатели смертности будем ориентироваться. в речах и заявлениях. Про свои стыдливо умолчим, "т к маленькая выборка" и наверное "много недетективованных асимптоматичных" бла-бла.
 Чтоб можно было "не паниковать" и считать, что это "бэд флю".
Мы не знаем, сколько всего больных коронавирусом  в США, но так же и не знаем, сколько умерло реально от Ковид-19 в США. никого из умерших в ближайшие несколько месяцев- не тестировали (кроме 10 вашингтонских)
Ничто не мешает предположить, так же ( если уж заниматься предположениями о количествах), что все смерти от грипп-пневмонии и гриппоподобных заболеваний в этом году (а может и с декабря 2019)- это от коронавируса.
Некоторые из них, около  3ти, имеют лабораторный диагноз гриппа. Да, можно исключить около 3ти. А можно и не исключать-  ведь можно болеть и сразу 2мя вирусами. и даже 3мя. Можем и такое предположить.
Так что можно "предполагать" в обе стороны, с примерно одинаковой правомочностью. Правда, "предполагатели" обычно хотят только в ту сторону, которая покажет более низкий показатель смертности или тяжести, тк это успокаивает и помогает отрицать.
Но лучше исходить из фактических данных, хотя они и не нравятся и не утешают.
Фактически данные, как ни крути, показывают, что дело швах, по крайней мере в США, на данном этапе. На уровне Ухани.

dream

Оптимистам вакцинации от коронавируса

Уханьский коронавирус по клинической картине, довольно сильно напоминает САРС, на мой взгляд, да и геном у него отличается не  слишком сильно (4%), и прочие характеристики "зловредности"- тоже. Эти два вируса, можно сказать, кузены, и оба перескочили к людям от летучих мышей.
Много общего, для того чтобы подозревать, что и реакция нашего организма на эту парочку (ну или троечку, если учесть МЕРС) будет почти одинаковой. Пока, из того что известно - действительно,  не смотря на отличия (симптомы ОРЗ верхних дыхательных путей при Ковид-19), сходства в течении заболевания нижних дыхательных путей- очень много. Возрастной и половой разброс жертв  обоих коронавирусов,  вообще, почти калька.
Сейчас люди питают надежды, что выручить от этой напасти сможет вакцина.
Когда ученые  пытались сделать вакцину к САРС, они  столкнулись с одной неприятностью, которая застопорила процесс. Да, в общем то, и остановила, на том этапе, т..к в эпидемию вполне оперативно завершили,  и все уже понадеялись, что, может, такого больше не случится.
А неприятность заключалась в том, что  вакцина,  точнее прототип, который тестировали (не на людях), при всей своей иммуногенности, сыграла на руку последующему заболеванию. Не 100%, но достаточно, чтоб  посчитать использование и продолжение в том же направлении -неприемлемым.  В группе вакцинированных при заражении вирусом САРС,  болезнь все же развивалась, и часто протекала в более острой (тяжелой) форме, чем в контроле. И это при том, что в опытной группе был вполне хороший титр антител против вируса!
К сожалению, именно имумнный ответ и был, скорее всего, причиной тяжелой картины. Вирус САРС обладает особенностью поражать лимфоциты (хелперы)  и макрофаги, иммунные клетки, имеющие на своей поверхности рецепторы к антителам (на САРС в том числе).  Когда  клеточный иммуный ответ спешит оказать помощь в легких, где поражены вирусом эндотелиальные клетки, и в крови уже цирклируют антитела, (может, и не совсем специфические, но достаточно специфические, чтоб словить и заякорить вирус), эти  антитела соединяются с вирусами, садятся на макрофаги и лимфоциты (которые в большом количестве стекаются в легкие для борьбы с инфекцией),  размножаются в них и уничтожают, или получается гиперстимуляция, и так вместо спасения получается ужас ужасный. Тот самый ТОРС, например ( в случае с легкими). Отчетливо такой эффект- антитело-зависимого усиления был виден при разработке вакцины к родсвтеннику САРС, вирусу кошачьего перитонита:
"Antibody-dependent enhancement (ADE) has been observed in vaccinated and wild-type infections of FIP. ADE is thought to potentiate viral infection through the infection of macrophages. Viral entry into macrophages occurs when antibodies bind the virus and attach to macrophages via the Fc region of the antibody and its interaction with cell surface expressed Fc receptors [46]. Neutralizing antibodies can also be enhancing antibodies if antibody titer is low or is of the IgG class [47], [48]. Because macrophages increase with viral disease, this cell type may provide an abundant reservoir for the virus and thus expansion of the virus in the host. Some similarities between FIP and SARS exist. First, in both cases macrophages can be infected with the virus [9], [49], and in the case of SARS, the etiology of disease is contributed by infiltrating alveolar macrophages leading to pneumonitis [8]. Second, the treatment with corticosteroids and/or interferon alpha ameliorates SARS disease [50], suggesting an inflammatory, immune-mediated disease."
В этой статье хорошо изложено, как пытались сделать вакцину к САРС, и прочие прелести этого вируса.
Когда ученые и врачи анализировали иммунный ответ людей, заболевших САРС, они обнаружили интересную особенность.
Наиболее мягко протекало заболевание у тех, у кого антитела в крови вырабатывались "попозже". Примерно после 3 недель с начала инфекции. Ну, это скорее нормальный ответ, когда организм первый раз встречается с антигеном. Для выработки антител (гуморальный ответ) требуется время. Обычно, около месяца. Наиболее тяжело САРС протекал у тех, у кого уже на 2 неделе в крови обнрауживались "нейтрализующие антитела". Чей гуморальный и клеточный имумнитет адекватно отреагировал, и начал вырабатывать антитела и цитокины побыстрее (перекрестного типа, или эти люди когда-то уже сталкивались с подобным или похожим вирусом).  Это были антитела не к конкретно вирусу САРС, вероятнее всего, тк возбудеитель довольно новый, но, к какому-то другому, похожему коронавирусу. Антитела начали вырабатываться вновь, в связи с инфекцией, стали поступать в кровь, ловили вирусы САРС, садились на макрофиаги и лимфоциты ( присоединялись к специальным рецепторам на них), а вирусы, присоединенные к антителу, одни клетки заражали, вторые чрезмерно активировали.. и.. выход, к сожалению, такой-
"Having a detectable neutralizing antibody during the first 2 weeks of illness, in our analysis, coincides with a high and an early SARS mortality rate. The basis for early antibody response is not apparent, but 1 possibility is the priming effect of a previous non–SARS-CoV infection. Indeed, antibody against SARS-CoV has been shown to cross-react with human coronavirus 229E (2). The finding that early responders are older than other SARS patients is in agreement with the priming effect since cumulative infection rate increases with increasing age. The priming effect of a previous viral infection can induce cross-reactive but nonneutralizing antibody, as well as neutralizing antibody to SARS. Furthermore, the nonneutralizing antibodies are known to facilitate viral infection, termed antibody-dependent enhancement (ADE), which is the pathogenic basis of feline infectious peritonitis virus (FIPV, a type II coronavirus), dengue hemorrhagic fever, and other viruses (3436,37)
Findings of these studies, in conjunction with clinical study on cytokines during the acute phase (29-31), suggest that activation of Th1 cell–mediated immunity and a hyperinnate inflammatory response, rather than direct damages from uncontrolled virus growth, are responsible for the pathogenic process in severe infection
"SARS neutralizing antibody level is positively correlated with clinical severity, and in a portion of the patients with mild infection, a detectable neutralizing antibody response may not develop. All published clinical and immunologic data on SARS patients suggest that a strong cell-mediated Th1 response is causally related to a severe clinical outcome, whereas high neutralizing antibody is probably a concurrent event of a strong Th1 activation. Early neutralizing antibody responders are more likely to be older, to have a higher case-fatality rate, and to survive for a shorter time. ".
Наблюдаемое позволило сделать вывод, что чем быстрее и сильнее иммунный ответ на САРС, тем легче вирусу поражать и уничтожать макрофаги, и манипулировать лимфоцитами, выводя из строя их слаженную работу, и тем тяжелее болезнь и вероятнее смерть.
При САРС, мужчин среди тех, у кого было больше "нейтрализующих" антител, было больше.
Так же, в группе  " тех, у кого в крови рано обнаруживали" нейтрализующие антитела был еще больше стариков, тк за свою жизнь они могли сталкиваться с коронавирусами ( и вырабатыват на них антитела) дольше. У детей, такого опыта не было, и иммунитет отвечал  слабо или  "по недоразвитому типу".
Так что присутствие в крови нейтрализующих антител на раннем этапе болезни спосбствует утяжелению течения и летальному исходу. Хотя антитело-зависимое усиление болезни, для САРС, возможно, не совсем такое же, как для КВП, но имеет место быть.
Если глянуть на картину с Ковид-19 - группы риска  у него такие же как у САРС-  мужчины и старики. С возрастом растет шанс на тяжелое течение болезни и смерть. Дети- болеют мало и легко.
Вероятность, что создание вакцины к уханьскому коронавирусу столкнется с такими же проблемами, как у вакцины к САРС, Денге, КВП- довольно высоки. Но,  может можно будет и пойти в обход.